Jmol 是一款基于HTML5浏览器和独立Java浏览器的3D化学结构的开源浏览器，主要用于浏览和编辑分子模型和二级结构示意图，可以测量距离、键角和扭转角，支持CML，GAMESS，Ghemical等文件格式，具有开源自由的特点。

【功能特色】

　　1、适用于所有现代浏览器的HTML5 / canvas图形，包括iOS和移动设备

　　2、极低的占地面积选项(50K)，用于简单的交互式结构显示

　　3、其他服务器端Java，独立Java和签名Java小程序选项

　　4、完整的晶体学对称能力

　　5、加载许多曲面格式并​​动态创建和显示曲面

　　6、易于定制的基于Web的界面兼容(并且需要)jQuery

　　7、记录良好的脚本语言，包含1000多个令牌

　　8、读取超过60种文件格式，包括PyMOL(PSE)会话文件

　　9、从体积(CUBE)数据创建高度压缩(300：1)表面文件

　　10、导出为GIF，JPG，PNG，PDF，WRL，POV-Ray，OBJ格式

　　11、为纯HTML5应用程序使用定制的，优化的Java-to-JavaScript编译

　　12、用于客户端JavaScript的Swing和PDF导出的通用JavaScript库

　　13、JSpecView模块功能：

　　14、阅读JCAMP-DX，CML，AnIML格式

　　15、交互式实际和预测的1H NMR光谱

　　16、交互式IR，拉曼，NMR，GC / MS，UV / VIS光谱

　　17、光谱以PDF格式生成

【使用说明】

　　利用Jmol软件显示分子3D模型

　　用Jmol软件显示分子3D模型主要有两种方式：一是利用本地Jmol软件显示分子模型，只需打开软件后，打开或拖拽入需显示的前述兼容格式的分子模型即可；二是在网页中调用Jmol程序显示分子模型，这需要一定的HTML语言和Java语言知识（可参考网络教程[11]），例如将甲烷3D模型（methane.pdb）嵌入本地HTML网页，可利用Dreamweaver建立HTML网页，则要按图1编写HTML代码，需注意调用Jmol.js和methane.pdb的相对地址，图1中HTML代码是网页和他们都处于同一目录，完成后打开网页即可得到最简单的网页Jmol3D交互模型。

　　Jmol3D模型交互操作

　　Jmol3D模型的交互操作可粗略分为：脚本交互和鼠标交互两种，前者是利用编程技术将交互内容事先编好，要求使用者具有一定的Java编程基础，适于Jmol3D模型开发者，有兴趣的读者可参阅Robert M. H开发的Jmol交互式脚本文档网站进行查询和学习[14]；后者则更适于普通用户，用户只需要操作鼠标（少数需要键盘配合）即可完成对模型转动、缩放、显示键角、显示键长等数十种交互操作。

　　鼠标交互操作又可细分成鼠标操作和鼠标右键操作，鼠标右键操作内容丰富，操作时在Jmol程序运行界面内点击右键即可看到：“模型1/1、设置、选择、查看、样式、颜色、表面、对称性、缩放、旋转、振动、动画、测量、鼠标拾取、控制台、显示、文件、计算、语言、关于”等20项右键一级菜单，继续点击可看到这些菜单下的数十项供选择的子菜单，本文只对鼠标右键菜单常用操作以及最新版本新出现的操作进行简介。