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PyMOL PyMOL(三维分子模型软件) V2.2.0 官方版 版本

  PyMOL 是一款专业可视化的三维结构显示工具,支持多种图像格式,包括pdb、sdf等,软件提供了创建相应的分子动画必备的工具,同时还可以实现自动插值,循环和光线跟踪帧,图像帧缓存,慢动作模拟等操作。

PyMOL

【功能亮点】

  统一的现代用户界面

  PyQt接口取代TCL/TK和MacPyMOL在所有平台上

  蟒蛇分布

  更好的第三方插件和自定义脚本支持

  开放存取激励可执行文件

  自由评价政策

【软件特色】

  1、提供了强大实用的绘图工具

  2、PyMOL支持多种图像格式,包括PDB、SDF

  3、生成的PyMOL结构可以导出到VRML

  4、PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据

  5、具有可定制的颜色,结构标签,可调对象透明度,输出和控制大小,自动缩放,文本覆盖和可定制的鼠标控件

PyMOL

【使用教程】

  文件的打开有两种方式:一种是将pdb格式的蛋白文件直接拖到桌面快捷方式上;另一种是从菜单栏File/Open打开文件。打开方式与大多数软件相似,打开后的结果如下图。

  更改模型的显示方式。点击all图层上的H(Hide)标签,隐藏所有的显示方式对应的模型;点击all图层上的S(Show)标签,选择所需的模型显示方式(这里选择cartoon);点击all图层上的C(Color)标签,更改模型着色方式,这里选spectrum,颜色选rainbow。下图是更改显示方式后的效果。

  鼠标对模型的操作。常用的鼠标操作方式如下表,选择合适的显示视角即可。

  鼠标操作方式:

  按下鼠标左键拖动:模型围绕指针旋转

  按下鼠标中键拖动:平移

  按下鼠标中键拖动:放大缩小

  图片的渲染与导出。只需要在命令行输入“ray 900,900”,随后按回车键即可进行光影着色。这里的数字900是图片的长和宽的像素数,根据需求自由设置。渲染完成后的效果如下(注意:此时点击渲染好的图片又会返回模型编辑模式)。

  最后,选择file/Save Image As/PNG...即可导出图片到指定位置。最终导出的模型的效果结果如下。

【命令语法】

  PyMOL> keyword argument

  但并不是所以命令都需要变量,比如退出命令,我们就可以直接输入PyMOL>quit,然而需要变量的命令依旧占据了大多数,可以分为单变量命令和多变量命令,单变量命令指的是对于某些命令,我们只可以输入一个变量,比如放大命令zoom,但是同时你会发现不加任何变量这个命令也可以被执行,这是因为PyMOL对单变量命令有一个默认的变量,对于放大命令zoom来说,all就是它的默认变量,即

  PyMOL>zoom等同于PyMOL>zoom all

  多变量命令可以带多个变量,比如说假如我想将对象的的颜色变为红色,我们可以使用 PyMOL>color red这个命令,但是操作后我们会发现这样的命令没有办法指定某一部分变色,于是我们可以选中我们需要的部分,采用以下的命令

  PyMOL>color green,sele

  这里的sele就是除了颜色以外的第二个变量。

PyMOL

【更新日志】

  V2.2.0(2018.7.24)

  新版特征:

  具有基本样式(颜色、表示、标签)的MAE出口

  群层次的MAE导出

  核酸诱变向导

  具有属性的MAE导出

  图形界面:

  对象菜单中的分组:A>组>…

  从序列查看器更新二级结构:右击> SS>…

  原子右键单击>对象>禁用其他

  开放源码PyMOL更新:

  shaders移植和相关的图形代码从pymol:激励

  改进的标签:多线支持,背景颜色,连接器(_ *各种标签设置)

  支持背景图像(图像文件名_ _ BG)

  透明(透明度_阶独立模式(3)

  固定棒_球设置

  “线”的碰撞与固定在低端的图形驱动程序

  移动到GitHub的代码库

  bug修复:

  双通配符选择(A*B*C)https://sourceforge.net/p/pymol/bugs/209/

  APBS插件:4位坐标处理(例如x>=1000)

  SDF出口:不要写零级债券

  批处理模式:https://sourceforge.net/p/pymol/mailman/message/36301454/

  状态之间的距离测量

软件特别说明

标签: PyMOL 三维模型 分子模型

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PyMOL(三维分子模型软件) V2.2.0 官方版

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