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Arlequin是专业的人类遗传学数据分析软件，为从事医学、生物学研究的学者设计，拥有可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等功能，例如：大量的分子序列数据和传统的等基因频率，并提供了很多的方法和统计学检验，能够满足用户多种遗传学分析方便的需求。
1、Molecular diversity(分子多态性)
2、Mismatch distribution(错配分布)
3、Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)
4、Linkage disequilibrium(连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联)
5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)
6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)
7、Fu`s neutrality test(Fu中性检验)
8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)
以上三个中性检验都是基于无限位点模型，适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。
9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性和中性选择等)
10、Minimu Spanning Network(MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树,，基于分子差异)
11、AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构
12、Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)
13、Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)
14、Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)
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